Biobrandstoffen kunnen gebruikt worden voor een 0-emissie in ETS-2.
Wanneer de brandstofleverancier kan aantonen dat een deel van de geleverde brandstof een duurzame biobrandstof was, telt deze biofractie niet mee in de bepaling van de benodigde uitstootrechten. Dit geldt ook voor biobrandstoffen die een ERE-O opleveren.
Elektriciteit geleverd aan vervoer speelt geen rol in ETS-2 (hoeft niet te worden gerapporteerd).