De Nederlandse Emissieautoriteit (NEa) is verantwoordelijk voor de uitvoering van het EU ETS in Nederland. Binnen het EU ETS heeft de NEa verschillende taken.
Installaties die onder het EU ETS vallen, moeten een emissievergunning aanvragen bij de NEa. Zonder geldige emissievergunning mag de installatie niet in bedrijf zijn.
In het EU ETS-register worden de rechten en rekeningen bijgehouden van bedrijven die onder EU ETS Stationair vallen.
De Rijksoverheid verdeelt de gratis emissierechten binnen Nederland aan bedrijven die daarvoor in aanmerking komen. Deze taak is bij de NEa belegd.
De NEa houdt toezicht op de manier waarop bedrijven hun uitstoot vaststellen, en controleert of bedrijven tijdig hun emissierechten inleveren.
De NEa voert inspecties uit om ingediende gegevens te controleren.