Als een bedrijf of instelling een onjuist emissiecijfer voor zijn installatie in zijn emissieverslag vermeldt, kan het bestuur een ambtshalve vaststelling doen. Met een ambtshalve vaststelling wordt het onjuiste emissiecijfer gecorrigeerd. Deze correctie heeft gevolgen voor het aantal emissierechten dat het bedrijf moet inleveren.
Ook bij bedrijven die ten onrechte broeikasgassen hebben geëmitteerd zonder emissievergunning is het bestuur bevoegd om een emissiecijfer vast te stellen. Bij deze ambtshalve vaststelling gaat het om de emissies vanaf 1 januari 2021, de start van de 4e handelsperiode.